● Folding@Home项目在中国的发展与概况
2006年9月底,ATI宣布了通用计算GPGPU架构,并得到了斯坦福大学Folding@Home项目的大力支持,加入了人类健康研究。2007年3月22日,PS3正式加入史丹佛大学分布式运算研究计划,至今已有超过百万名 PS3 玩家注册参与。NVIDIA于2008年6月宣布旗下基于G80及以上核心的显卡产品都支持该项目的通用计算,更是对分布式计算的重要贡献。
中关村在线搭建的单卡FAH项目运算平台
Folding@home在自身定位明确、成功发展的基础下,通过斯坦福大学的大力推广,已经获得了全世界广泛认同。而近期PS3和GPU的参与更是将Folding@home的运算能力推向高峰。值得一提的是NVIDIA在2008年6月果断宣布加入Folding@home项目,至今已经为该项目提供了超过2 PFlops运算能力。
目前Folding@Home已经成为全世界最有影响力和公信力的项目,同时是各大厂商和机构鼎力支持的项目,当然它毫无疑问地拥有最广大的志愿者团队——截止2010年4月18日,全球共计1,396,683人参与该项目,最近的统计显示志愿者贡献的总运算能力已经达到了5PFlops,远超现在全世界最快的超级计算机IBM Roadrunner(最高性能1.026PFlops)。
该项目在中国拥有约2000多名参与者,其中最强大的China Folding@Home Power(Folding@Home中国力量,团队编号3213)团队已经拥有2585人,最近活跃用户200人以上,目前贡献计算量排名世界第47位,团队整体运算能力约为50到100TFLOPS。
目前的GPU通用计算发展迅速,在通用性方面已经与CPU不相上下,在浮点运算量方面则远超CPU。不仅仅是我们看到的Folding@home项目支持GPU运算,在2008年5月,法国原子能委员会等机构正准备打造一台新的超级计算机,其中不但会有Intel的下一代四核心处理器,更会加入192颗GTX200图形核心。在3GHz频率下,每颗处理器的浮点运算能力为96GFLOPS,1068颗Nehalem Bloomfield四核心处理器合计约103TFLOPS,而192颗GT200则能提供192TFLOPS。虽然GPU的数量只有CPU的18%,但计算能力却比后者高出86.4%,单颗对比的话更是将近10:1。
下面节选一段近期的Folding@home项目论文(第61号论文):
利用计算筛选确定流感红血球凝集素蛋白质重要变异并公开其结构(26XX任务段的成果):
下载地址:http://psb.stanford.edu/psb-online/proceedings/psb09/kasson.pdf
流感红血球凝集素蛋白质的主要作用是绑定目标细胞,并破坏细胞膜将病毒基因注入目标细胞。
因为长时间以来H5N1和H1、H3以及乙型流感病毒外壳的细微差别很难被精确的区分出来,通过大致结构的区别并不能使人们对掌握H5N1对人类细胞的入侵过程。通过2600+任务段的模拟,目前斯坦福已经完成了各种流感病毒外壳结构来的比对和筛选,对应的病毒对人类细胞的完整侵蚀过程的模拟目前仍在继续中。